В периода 1997-1999 г. фирма „Алкалоид“, като лидер в региона е била сред първите компании, чиито Системи за управление на качеството, прилагани в Предприятията за производство и търговия (фармация, химикали, козметика и органични суровини са били сертифицирани за съответствие с международния стандарт ISO 9001. През 2000-2001 г. дружество „Алкалоид“ АД Скопие е била първата компания в Македония (Република Северна Македония от 2019 г.), получила Сертификат за въведената в предприятията Botanicals и Pharmaceuticals Система за управление на околната среда, отговаряща на международния стандарт ISO 14001. Всички Сертификати за съответствие по ISO са издадени от сертифициращия орган Quality-Austria (бивш ÖQS), акредитиран от IQNet - Международната мрежа за сертифициране.
През 2002 г. „Алкалоид“ пуска в експлоатация своя нов завод за производство на твърди перорални лекарствени фирми, построен и работещ в пълно съответствие на изискванията на европейските и международните ДПП. Като доказателство за това съответствие е получаването на първия сертификат за въведена ДПП/ GMP, който македонски производител на лекарства е получавал от Министерството на здравеопазването на Македония. Едновременно с това „Алкалоид“ получава и Сертификат за ДПП за новия си обект - фабриката за производство на цефалоспорини в съответствие с националните Разпоредби, Директиви ЕU 2001/83/ЕС и 2003/94/ЕС и Препоръките на СЗО.
От 1998 г., програмата Botanicals има издаден от Control Union Certifications (бивш SKAL)-Холандия първия сертификат за методи на биологично производство като съвместим с Директивата на ЕС 2092/91, който е първият от този вид на Балканите. Международната сертификация за прилаганите методи за производство на органични продукти от Control Union Certifications-Холандия бива потвърдено с обхват на действие на три континента от Националната органична програма на Министерството на земеделието на Съединените щати и JAS-японските Стандарти за земеделие.
Производството на медицински изделия – на концентрирани разтвори за хемодиализа и рентгенови снимки – това е Програмата Chemicals има Сертификат за маркировка CE през 2007-2010 г. от реномирания нотифициращ орган DEKRA Certification BV (бивш KEMA Quality BV) от Холандия. През 2011 г. Програмата за химикали – медицински изделия в Предприятието Chemicals Cosmetics Botanicals на Алкалоид АД Скопие получава Сертификат за въведена и поддържана Система за управление на качеството чрез прилагане и изпълнение на изискванията на стандарт ISO 13485.
Като доказателство за изпълнение на поетия ангажимент от „Алкалоид“ АД „Здравето преди всичко” е издаденият на 17.04.2007 г на . на завод „Ботаникалс“ Сертификат НАССР за производство на безопасни храни, за цялата производствена програма: чайове, добавки, подправки, сушени зеленчуци, сол и „ Zachinal“, издаден от Quality Austria.
Първият одит на Интегрираната система за управление (IMS) на „АЛКАЛОИД“ е бил извършен от Quality Austria през 2012 г. и е потвърдил съответствието й с международните стандарти ISO 9001 и ISO 14001 (на 100% от производствените съоръжения и процеси) за обектите на ALKALOID AD, ALKALOID CONS DOOEL, ALKALOID d.o.o. БЕЛГРАД и ALKALOID VELEDROGERIJA d.o.o. БЕЛГРАД, съответствието с ISO 13485 за завода Pharmaceuticals и програмата Chemicals, както и пълното съответствие с принципите и изискванията на HACCP за програмата Botanicals и за PC Pharmacy.
Грижата за околната среда е един от дългосрочните принципи, залегнали в бизнес политиката на дружество „Алкалоид“ АД – Скопие, поради което Системата за управление на околната среда е станала част от неговата Интегрирана Система за Управление. През 2012 г. Министерството на околната среда и териториалното планиране дава на обекта на PC Pharmacy/ Аптечен Комплекс ПК в Автокоманда Разрешение А за съответствие с Оперативния План за комплексно предотвратяване и контрол на замърсяванията, като включва „Алкалоид“ в списъка на корпоративно отговорните компании, които в хода на производствената си дейност се грижат за комплексното предотвратяване и управление на замърсяването на околната среда.
През 2020 г.“Алкалоид“ АД - Скопие затвърждава лидерските си позиции с получаването на Сертификат за съответствие на изискванията на международния стандарт ISO 45001.