Развитието и усъвършенстването на Регламентите, Стандартите и Ръководствата по прилагането им доведе до изработването и непрекъснатото актуализиране на Интегрираните системи за управление на дружествата (IMS). ИСУ (IMS) на „Алкалоид“ е важна предпоставка за успешното производство и търговия и се състои от корпоративни и специфични процедури и политики, управлявани и отнасящи се до работата на централния офис на „Алкалоид“ АД и свързаните с него филиали/дъщерни фирми. Интегрираната система за управление обединява Системите за управление на качеството, околната среда и безопасност на продукцията в рамките на групата „Алкалоид, както следва:

• Системата за управление на качеството с обхват фармацевтичните продукти с обект PC Pharmaceuticals, основаваща се на спазване на изискванията за ДПП при производството и контрола на търговията на безопасни, ефикасни и качествени лекарствени продукти за хуманна употреба и на съответствието на международните стандарти за качество ISO 9001 и за безопасност за околната среда ISO 14001, както и на стандарта ISO 13485 за медицинските изделия и на НАССР за безопасност на храните (хранителните добавки);

• Системата за управление на качеството, околната среда и безопасността на хранителните продукти, прилагана в производството на химически, козметични и биопродукти – Програмата за органичните/био продуктите се основава на изискванията на HACCP/Общи принципи за хигиена на храните (CAC/RCP 1-1969 Rev.4-2003) и HALAL за безопасност на храните, на международните стандарти ISO 9001 и ISO 14001, ISO 45001, FSSC 22000 (за чайове)

• Системата за органично производство на органични билкови продукти на Алкалоид АД Скопие - PC Chemicals Cosmetics Botanicals - програма Botanicals, в съответствие с регламент (EC) No.834 / 2007 и (EC) No.889 / 2008, USDA-NOP, JAS

• Системата за качество в PC Chemicals, Cosmetics, Botanicals – Програмата за козметика се основава на изискванията на ДПП/GMP (за лекарствата), на Директива 1223/2009/EC за производство на козметични продукти, както и на международните стандарти ISO 14001 и ISO 45001;

• Системата за качество в PC Chemicals, Cosmetics, Botanicals – Програмата Chemicals - Medical Devices се основава на изискванията на стандартите ISO 13485 и ISO 9001, както и 93/42/EEC Европейската Директива за медицински изделия, 2007/47/EC Директива и приложимите препоръки на MEDDEV;

• Системата за качество в PC Chemicals, Cosmetics, Botanicals – програмата Chemicals е базирана на изискванията на стандартите ISO 9001, ISO 14001 и ISO 45001;

• Фармацевтичната система за качество в „Alkaloid doo Belgrade, Alkaloid Veledrogerija doo Belgrade и Alkaloid CONS DOOEL е разработена в изпълнение на изискванията на ДПП и международните стандарти ISO 9001 и ISO 14001.

• Интегрираната система за управление на „Алкалоид“ обединява всички дъщерни дружества в изпълнението на корпоративната функция на компанията.

Интегрираната система за управление представлява документиран в система модел на процеса, имащ функционална стойност в рамките на цялостната политика на дружество „Алкалоид“ АД. Важни документи с функционална стойност са Политиката на Интегрираната Система за управление, прилагана в „Алкалоид“, която е тясно свързана с визията и мисията на компанията, Ръководството за прилагане на ИСУ IMS, Генералния План за охрана на околната среда, с процедурите, Оперативните Процедури по Стандарта (SOP), Инструкциите и други документи. Целта е поддържане на такава система, която да удовлетворява изискванията на клиентите, бизнес партньорите, служителите и акционерите, която позволява актуализация и разширяване.